課程名稱 |
基因演化分析方法實作 PRACTICAL ON MOLECULAR PHYLOGENETIC ANALYSIS |
開課學期 |
96-1 |
授課對象 |
生命科學院 生態學與演化生物學研究所 |
授課教師 |
王俊能 |
課號 |
EEB5047 |
課程識別碼 |
B44 U1590 |
班次 |
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學分 |
1 |
全/半年 |
半年 |
必/選修 |
選修 |
上課時間 |
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上課地點 |
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備註 |
本課程為生物技術學程之ㄧ,9月3日開始上課,須先向生物技術中心報名.香P胡哲明合開 總人數上限:1人 |
Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/961pmpa |
課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
親緣分析方法,特別是分析分子序列資料間的演化關係,已經是當代研究物種起源、追溯基因及基因體演化歷史的必要工具。對植物生技專長領域的學生來說,舉凡對作物間品系的鑑定,病蟲害基因體的演化,以及自然物種間親緣的探索,甚至在醫學上探討病原菌及病毒的演化和確認,都需要接觸到基礎基因序列演化分析的方法。 |
課程目標 |
為了提昇學生對這些當代重要基因演化分析方法的認識,我們將在課程中介紹這些方法的理論基礎、練習目前建構演化分析基因樹最常用的方法,並且明暸基礎分子演化的概念,強調在植物科學領域實例上的演練講解,希望能藉著最新的知識觀念灌輸學生具備基因序列演化分析的能力。本課程另將配合實習,讓學生親身用自己的研究數據或提供的數據範本,來實際操作建構演化樹國際上最常用的軟體PAUP, PHYLIP, MACCLADE及Mr. BAYES等;由此並進而了解建構演化樹目前最常用的所有分析觀念:如最簡約法則,距離法則,最大可能性法則,貝式可能性法則等 (parsimony, distance, maximum likelihood methods and Baysien analysis)。透過本課程設計,學員將能熟稔最新觀念的基因演化分析方法,並透過電腦實作,應用在其各自未來的研究領域中。 |
課程要求 |
最好有個人研究中的分子序列 |
預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
另約時間 |
指定閱讀 |
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參考書目 |
Phylogenetic Trees Made Easy: A How-To Manual, Third Edition
By Barry G. Hall, Emeritus, University of Rochester 2007 |
評量方式 (僅供參考) |
No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
1. |
期中考 |
0% |
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2. |
期末考 |
0% |
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3. |
隨堂測驗 |
0% |
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4. |
作業 |
100% |
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5. |
報告 |
0% |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
第1週 |
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First step to create a phylogenetic tree -- Sampling, data
acquisition and alignment |
第2週 |
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Methods for tree-building – overview of distance and
maximum parsimony approaches |
第3週 |
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Likelihood-based and other methods |
第4週 |
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Tree evaluation and branch support analysis |
第5週 |
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Advance analyses: evolutionary rates, molecular clock,
detection of selection pressures, and codon usages |
第6週 |
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Examining evolution on larger scales and describing your
results |
第7週 |
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Examination and/or solving individual’s technical problems |
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